Pokonanie w kampanii włoskiej Austrii nie było zbytnio trudne. Pozostawał jeszcze jeden wróg, a z Anglią problem był bardziej złożony. Jej mocną stroną, o czym później boleśnie przekona się Napoleon, jest doskonała flota. Dlatego też Bonaparte chciał zaatakować jej szlak śródziemnomorski. Aby zyskać panowanie na Morzu Śródziemnym, Francja musiałaby zdobyć cztery punkty: Tunis, południe Włoch, Gibraltar i deltę Nilu. Bonaparte nie może podjąć walk z Hiszpanią, gdyż Dyrektoriat i tak prowadzący wojny z wieloma państwami, nie chce zrobić sobie wrogów w bezpośrednich sąsiadach. Aby pokrzyżować plany Anglików związane z przeprowadzeniem szlaku lądowego do ich kolonii w Indiach, decyduje się na wyprawę do Egiptu.

W maju 1798 roku wyrusza z trzydziestoośmiotysięczną armią do Egiptu przeciwko Anglikom wspomaganym przez Turków. Tam na początku ponosi wiele zwycięstw w tak zwanych "bitwach pod piramidami", zdobywa Kair i całą deltę Nilu. Jednakże kłopoty zaczynają się w chwili, gdy na czele floty angielskiej, już bez wsparcia tureckiego, staje Haratio Nelson, który doszczętnie niszczy flotę francuską 1 sierpnia 1798 roku pod Abikurem.

Dowiedziawszy się o buntach powstałych we Francji przeciwko Dyrektoriatowi, Napoleon zostawia swoje wojsko i płynie do kraju aby objąć władzę. Pozostawieni żołnierzy szybko ulegli Anglikom, dostali się do niewoli lub uciekli z Afryki do Europy.